苗木从土壤中吸收的水分主要来源于雨水、地下水及灌溉水。在北方干旱地区主要依靠灌水补充土壤中的水分。但如果雨水过多或排水不畅，也会影响苗木的呼吸，严重的会导致烂根甚至死亡。
一、灌溉量和灌溉次数
1．不同栽培方式的灌溉
（1）花椒苗播种苗播种后要尽量避免表土干燥，特别是在北方地区，一些小粒种子播种后覆土较浅，易受春旱的危害。通过合理灌溉使床面保持湿润，防止小苗失水，还可调节地表温度，防止日灼。一般要求灌水次数多，每次灌水量要少。
（2）分株苗、移植苗这些苗由于在栽植时根系受伤，苗木内部的水分供应出现不平衡，必须加强供水。在分株和移植后应连续灌水三四次，灌水量要大些，间隔时间也不能太长。
（3）花椒苗嫁接苗嫁接苗对水分的需求不是太大，只要能保证砧木的正常生命活动即可。水不能太多，尤其是接口部位不能积水，否则会使伤口腐烂。干旱天气必须灌水时也要注意。
（4）大苗除非在干旱季节才需灌水。如果水分过多，还会使苗木抗性降低，影响生长发育。
2．不同气候条件下的灌溉
灌溉必须根据气候条件的变化灵活掌握。花椒苗一般来说，春季到初夏，苗木处于旺盛生长期，南方雨水多，只要灌溉三四次即可北方是干旱期，要灌七八次。播种苗、扦插苗则需要灌溉次数更多。
初夏，南方是阴雨季节，要注意排水。夏季北方常逢雨季，可不灌水。南方则不同，如果高温又干旱，必须增加灌水次数。秋季，虽然南北方雨量不同，但为了让花椒苗苗木组织充实和木质化，准备越冬，一般不灌水。冬季，南方不灌水，北方则要在土地冰冻前灌一次冻水，以利于苗木越冬。
3．不同土壤条件的灌溉
黏重土壤保水力强，灌水量应适当减少；花椒苗砂壤保水力差，灌水量应适当增加。
4．不同树种的灌溉
不同树种对水的要求各不相同，花椒苗幼苗期差别并不太大，一般都需要有足够的水分。随着苗龄的增长，差别越来越明显。对于一些耐旱树种，水多时要立即排水。对于一般树种则要经常保持湿润状态，结合地下水位和降雨情况，确定适宜的灌水量。
二、灌溉方法
1．地面灌溉
高床和垄式作业区，花椒苗可由灌溉渠把水引入步道或垄沟里，水从侧面渗入床内或垄中。其优点是灌溉后土壤仍具有良好的通气性，可以减少松土的次数，也比较省工，花椒苗但耗水量太大，苗床宽的会产生灌水不均的现象。
低床或大田式育苗区，可由灌溉渠把水直接引入低床或畦面，水布满床面或畦面而逐渐深入土壤之中，这是漫灌。此法灌水时比较方便，但应注意水流速度要慢，以免冲倒或淹没苗木。灌溉后土壤易板结，通气不良，要增加松土次数比较费工。
2．喷灌和滴灌
喷灌一般适用于大苗灌溉，滴灌适用于苗床灌溉花椒苗，都是比较先进的灌溉方式。花椒苗排水降雨或大量灌溉后应及时排除地面积水，苗圃地不应有积水，否则会降低土壤有机质的分解速度，破坏苗木根系的正常呼吸，常引起根系腐烂甚至死亡。
要做好排水工作，首先应平整圃地，其次，建立完善的排水系统，花椒苗做到外水不浸、内水能排。
