一般来说，若仅星点腐烂，可用利刃将腐烂部连带少许健康组织一并切除，涂抹草木灰后放干燥阴凉处晾干即可（每切一刀将刀刃消毒一次），对腐烂呈窝状者，则应清除烂肉，按以下方法处理：方法一，用70%甲基托布津可湿性粉剂等药剂直接均匀撒布于腐烂部位至不湿，同时将95%敌可松可溶性粉剂2克至3克，拌于盆内球体根部0.5厘米至1厘米厚的表土中，然后撒细土面或沙面覆盖。若盆内表土过干可浇少许水至药粉湿润。然后放阴凉干燥处，待结干皮且通体无病害后恢复正常管理。方法二，将腐烂组织清除后，撒生石灰灼烧烂部，边撒边清除，反复两三次，然后放阴凉通风干燥处晾至干皮。
若是夏季也可于炎热晴天正午取晒热的土面或沙面撒于烂部至见健康组织，撒后清除，反复两三次，最后撒施不予清除，然后放阴凉通风干燥处至结干皮且通体无病害时恢复正常管理。方法三，若球体多处腐烂甚至空心，只要中间髓健康，脱盆后尽量清除烂肉，然后用1％硫酸铜或0.5%高锰酸钾液等反复冲洗病部消毒，必要时浸泡在消毒液中冲洗。或用50%复方甲基硫菌灵可湿性粉剂500倍液浸泡球体2小时，放阴凉通风干燥处至结干皮且不再腐烂后，重新定植。
注意：1．一旦发现球体腐烂，除严重腐烂者外，均应按照方法一施敌克松粉剂对盆土消毒。2．保持环境温度15℃以上，25℃至30℃最适合。3．新植盆土均应拌入杀菌剂如95%敌可松可溶性粉剂进行消毒，且种植后不浇水，放置于相对湿度在60%以上的室内即可。4．对健康仙人球冬季温度不能低于10℃，夏季喷水宜在中午进行，防止渍水难干使球体腐烂，可每半月喷施70%甲基托布津可湿性粉剂1000倍液，根施敌克松可溶性粉剂500倍液一次，但冬季根部施药只需一两次。平时保持盆土微湿即可。
