有多种病原菌都会引起花卉作物的根腐病，给花卉生产造成严重损失。这些病原菌能够造成介质中的花卉幼苗在出苗前或出苗后死亡，或者对成熟植株造成慢性或急性的根系腐烂。这些根腐病病原菌与具有特定寄主的锈菌、灰霉菌不同，通常它们能够侵染的植物种类范围很广。
在温室花卉生产的根腐病主要是由四类真菌和一些细菌所引起的。即腐霉菌、疫霉菌、丝核菌、根串珠霉菌和细菌类的欧氏杆菌等。针对不同的病原菌，其农业防治及化学防治的方法也不相同，因此判断是哪种真菌造成的危害是至关重要的。
1.腐霉菌
广泛存在于未经杀菌处理过的土壤中，也可能存在于冲洗过的细沙及某些草炭介质中。腐霉菌与水有着密切的关系，因为他们产生的游动孢子要通过水进行散播或游动。尽管这些病原菌和土壤中其他病原菌相比不算是很强的竞争者，但是它们可以通过球形、厚壁的休眠孢子（卵孢子）在土壤中存活多年。这些卵孢子也通常存在于患病组织中，检查这些卵孢子可以用来辨别病原菌。
腐霉菌引起的根腐通常发生在含水量大、排水性差的栽培容器内和温度不适宜的情况下。过多
在无土介质中也能发现腐霉菌，经加热消毒的土壤和无土介质都可很容易感染上腐霉菌，主要传播途径有：
·使用不洁的工具、花盆等；
·人或宠物在混合介质上行走；
·在未经彻底清扫的种植床或上盆区地面上倾倒混合介质；
·某些飞虫也能引起腐霉菌在温室间的传播。
土壤在消毒时，如果消毒时间太长或温度太高，那么这样的土壤一旦感染上腐霉菌，则会造成更为严重的根腐现象，因为这时的腐霉菌几乎没有“天敌”。
一旦根部开始腐烂，腐霉菌就很难控制，因此必须以预防为主。措施是先将土壤加热至82℃，并保持该温度30分钟，时间太长或温度过高会将基质中有益生物也杀死，然后将消毒过的土壤进行遮盖和储藏，并防止其和未消毒的土壤接触受感染。商业用无土介质的贮藏也应特别注意这一点。
如果用水塘水或流水灌溉，需注意入水管不应放置太深，以防水下部沉积物被吸入管内。如果灌溉水被腐霉菌污染，应在使用前对水进行消毒。对涨落潮灌溉系统的蓄水池要进行遮盖，防止植物残片进入。另外，对回流水进行过滤处理，以去除水中土壤和植物残片，使蓄水池免受腐霉菌污染。
对可能接触种植基质的苗床、上盆工作台、工具和器具进行消毒。并定期对涨落潮灌溉系统的蓄水池进行全面彻底的消毒。对有腐霉菌病史的温室，应尽早在种植初期对温室进行消毒。生物类药剂可在移苗前、移苗时或移苗后加入种植基质使用，甚至还可在移苗前，直接被用来处理穴盘苗。但在使用生物类灭菌剂前后十天内，切勿使用化学杀虫剂。
为达到理想的防止效果，也许需要多次使用生物类药剂和杀真菌类药剂。某些腐霉菌还会产生抗性。当使用一些化学杀虫剂效果不佳时，可换用其它产品。
2.疫霉菌
疫霉菌也广泛存在于未经杀菌处理过的土壤中，也可能存在于冲洗过的细沙及某些草炭介质中，为两栖性真菌，兼性寄生或腐生，绝大多数是兼性寄生。高湿环境有利于疫霉菌的生长与繁衍，其孢子囊和游动孢子可经风、雨、带菌种苗、土壤及灌溉水传播。病菌侵入寄主植物后即可产生大量孢子囊，并释放游动孢子进一步再侵染，在温湿度合适的情况下，病菌的数量迅速上升，在极短的时间内导致病害流行。疫霉菌引起的根腐也通常发生在含水量大、排水性差的情况下。
3.丝核菌
大多数的盆栽花卉容易受丝核菌的侵染产生根腐病。这种病菌广泛存在于未经过蒸汽消毒或药物熏蒸的土壤中。这种病原菌很容易通过显微镜来识别，因为其菌丝分枝成典型的直角。尽管它不能产生可经空气传播的孢子或游动孢子，但丝核菌能够产生一种坚硬的休眠状态结构，叫做硬化孢子，能够在植物残体或土壤中存活多年。
丝核菌很容易通过花盆或其他设备工具从一个地方传播到其他地方。丝核菌能够使根系、根茎甚至地上部分都产生伤害。最初，病根的发展是不连续的，产生浅褐色到深褐色的病斑。随着病害的发展，病斑连接到一起，从而使根系腐烂死亡。与腐霉菌和疫霉菌引起的根腐病不同的是，丝核菌根腐病不出现腐烂的根系浸满水分的特征。根系被侵染后，病菌还会进一步向上侵染，引起根茎腐烂或茎部腐烂，且在病部组织常常形成纵裂。
4.根串珠霉菌
根串珠霉菌是一种土传真菌，能够侵染一些苗床植物。通过移栽、被污染的花盆、使用工具、未经消毒的土壤或某些类型的草炭，可能使根串珠霉菌传入到温室中。通过显微镜，可以看到根串珠霉菌能够产生念珠状的孢子。这些孢子很容易从一棵植株飞溅到相邻的植株上或者通过温室昆虫（包括蕈蚊等）传播。其休眠结构为厚垣孢子，它能够长时间在土壤中存活。虽然很多花卉植物都会感染上由根串珠霉菌引起的根腐病，但在长春花、凤仙、紫罗兰上更为常见。患病植株生长缓慢、叶色发黄、似缺氮症状。最初，患病植株有很小范围的根系变色，实际上，如果不通过显微镜很难判断是否已经发生根腐。后来病株根系出现小的黑色病斑，随着病情的进一步发展，黑色病斑逐步扩大。
5.细菌性软腐病
近几年来，由于细菌性枯萎病与软腐病造成的损失有所增长，其致病病菌主要是欧氏杆菌属的几个种类。细菌性软腐病能够侵染多种观赏植物，但在菊花、一品红等花卉上更为常见。这类病害在高温高湿或栽培密度较大的条件下更易发生。症状主要表现为植株萎蔫或植物组织迅速腐烂。
